植物能適應陸地環境，需要演化出能適應棲息地或傳粉者之結構發育。尤其是地球能演化出超過30萬種的開花植物，更是達爾文覺得最不可思議的謎團。隨著授課老師參與的全世界1000種植物基因體解序完成，基因功能如何演化以影響植物結構發育之機制，也日漸清晰。故課程設計將從介紹初始陸生植物蘚苔、原始維管束植物蕨類之器官結構演化開始，接著關注種子植物構造特徵演化趨勢，然後對類群最繁盛的被子植物，依序由原始開花植物、單子葉植物、初始真雙子葉植物、真雙子葉薔薇類群至真雙子葉薔薇類群，各個目逐一檢視花結構在各科植物間之演化過程與逐漸複雜化之趨勢。
由於當代演化與發育生物學(Evo-Devo)整合的目的趨勢是為了除全面了解植物特徵演化及系統分類外，需進一步結合現代分生技術來研究負責各器官構造的基因功能及其調控發育之分子機制，才能使演化生態領域的學生及研究學者能基於基礎形態解剖技術，跨越到探究器官發育功能基因體，來了解植物多樣性的變異與演化成因。所以課程後半部分將引介學生認識植物的莖、葉、花之基本分子發育機理，如何在不同植物類群適應環境特化或為吸引不同傳粉者分化。